Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction

Authors

  • Rizka Gitta Almaida Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Brawijaya, Jalan Veteran, Ketawanggede, Kec. Lowokwaru, Kota Malang, Jawa Timur, Indonesia 65145
  • Yudit Oktanella Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Brawijaya, Jalan Veteran, Ketawanggede, Kec. Lowokwaru, Kota Malang, Jawa Timur, Indonesia 65145
  • Gatot Ciptadi Fakultas Peternakan, Universitas Brawijaya, Jalan Veteran, Ketawanggede, Kec. Lowokwaru, Kota Malang, Jawa Timur, Indonesia 65145

DOI:

https://doi.org/10.21776/ub.jtapro.2020.021.02.3

Keywords:

Kambing senduro, kambing PE, variasi genetik, cytochrome-b, PCR

Abstract

Informasi genetik kambing Senduro dan PE (Peranakan Etawa) yang berada di BBIB Singosari merupakan kambing lokal asal Jawa Timur, Indonesia yang digunakan dalam program breeding, khususnya untuk produksi semen beku untuk inseminasi buatan masih sangat terbatas. Perlu dilakukan analisa molekuler untuk menseleksi pejantan yang akan digunakan untuk produksi semen beku salah satunya dengan ilmu biologi molekuler. Penelitian tentang keragaman genetik dilakukan dengan menggunakan DNA mitokondria (mtDNA). Cytochrome b (Cyt-b) merupakan salah satu mtDNA yang memiliki laju mutasi yang sedang dan memiliki posisi sekuens nukleutida yang dipertahankan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui susunan nukleutida kambing Senduro dan PE berdasarkan genotip mtDNA. Sampel yang digunakan berupa whole blood dari enam ekor kambing Senduro, dan tiga ekor kambing PE yang berasal dari BBIB Singosari, Malang, Jawa Timur. Sampel whole blood diisolasi dengan Blood DNA Preparation Kit by Jena Bioscience. Primer yang digunakan yaitu primer Forward (Cytb_F) 5’GCAATTGCCATAGTCCACCT’3 dan Reverse (Cytb_R) 5’GGATTTGCCGGG GTATAGTT’3. Hasil PCR disekuensing dengan metode Sanger. Analisa sekuen gen dilakukan menggunakan software MEGA-X. Penyejajaran pairwise distance menunjukkan terdapat perbedaan basa nukleutida pada kambing Senduro dan PE. Sampel SE1 mengalami missense mutation, dan sampel SE2, SE3, SE4, SE5, SE6, PE1, PE2, PE3 mengalami frameshift mutation. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragaman genetik kambing Senduro dan PE yang dibandingkan dengan database NCBI Capra hircus: D8420.1 tergolong tinggi.

Downloads

Published

2020-12-15

How to Cite

Almaida, R. G., Oktanella, Y., & Ciptadi, G. (2020). Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction. TERNAK TROPIKA Journal of Tropical Animal Production, 21(2), 102–110. https://doi.org/10.21776/ub.jtapro.2020.021.02.3

Issue

Vol. 21 No. 2 (2020): TERNAK TROPIKA Journal of Tropical Animal Production

Section

Articles

License

Authors who publish with this journal agree to the following terms:

  1. Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License (https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/) that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.
  2. Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.
  3. Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access, http://opcit.eprints.org/oacitation-biblio.html).