Variasi Genetik Kambing Senduro dan Peranakan Etawa (PE) Berdasarkan Sekuen Gen CYT-B (Cytochrome-B) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction

Abstract

Informasi genetik kambing Senduro dan PE (Peranakan Etawa) yang berada di BBIB Singosari merupakan kambing lokal asal Jawa Timur, Indonesia yang digunakan dalam program breeding, khususnya untuk produksi semen beku untuk inseminasi buatan masih sangat terbatas. Perlu dilakukan analisa molekuler untuk menseleksi pejantan yang akan digunakan untuk produksi semen beku salah satunya dengan ilmu biologi molekuler. Penelitian tentang keragaman genetik dilakukan dengan menggunakan DNA mitokondria (mtDNA). Cytochrome b (Cyt-b) merupakan salah satu mtDNA yang memiliki laju mutasi yang sedang dan memiliki posisi sekuens nukleutida yang dipertahankan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui susunan nukleutida kambing Senduro dan PE berdasarkan genotip mtDNA. Sampel yang digunakan berupa whole blood dari enam ekor kambing Senduro, dan tiga ekor kambing PE yang berasal dari BBIB Singosari, Malang, Jawa Timur. Sampel whole blood diisolasi dengan Blood DNA Preparation Kit by Jena Bioscience. Primer yang digunakan yaitu primer Forward (Cytb_F) 5’GCAATTGCCATAGTCCACCT’3 dan Reverse (Cytb_R) 5’GGATTTGCCGGG GTATAGTT’3. Hasil PCR disekuensing dengan metode Sanger. Analisa sekuen gen dilakukan menggunakan software MEGA-X. Penyejajaran pairwise distance menunjukkan terdapat perbedaan basa nukleutida pada kambing Senduro dan PE. Sampel SE1 mengalami missense mutation, dan sampel SE2, SE3, SE4, SE5, SE6, PE1, PE2, PE3 mengalami frameshift mutation. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragaman genetik kambing Senduro dan PE yang dibandingkan dengan database NCBI Capra hircus: D8420.1 tergolong tinggi.